Madrasah Inovasi Madrasah Aliyah Negeri  2 Banda Aceh merupakan peralihan dari Pendidikan Guru Agama Negeri 6 Tahun Banda Aceh  (PGAN 6 Tahun) oleh Menteri Agama dengan SK. Nomor 42 Tahun 1992 pada tanggal 27 Januari 1992.
Berdirinya Madrasah Inovasi Madrasah Aliyah Negeri  2 Banda Aceh tidak terlepas dari kebijakan Kanwil Departemen Agama Propinsi Aceh atas dasar kebutuhan masyarakat seiring dengan meningkatnya peserta didik ditingkat Tsanawiyah untuk melanjutkan ke jenjang Madrasah Aliyah dalam kota Banda Aceh.
Personil Kepala Madrasah
1. Drs. H. Yahya Abd. Wahab Tahun 1988  s/d  1993
2.Drs. Jamaluddin Husen Tahun 1993  s/d  1999
3.Drs. H. A. Majid Yahya Tahun 1999  s/d  2000
4. Drs. Abubakar Amin Tahun 2000 s/d  2004
5. Drs.H .Dahlan Sandang, M.Ag Tahun 2004  s/d  2005
6. Drs. T. Ibrahim Tahun 2005  s/d  2008
7. Drs. Abd. Syukur, M.Ag Tahun 2008 s/d 2010
8. Drs. Ihsan, M.Pd Tahun 2011 s.d. 2018
9. Drs. Fardial Tahun 2018 s/d  2024
10. DR. Muzakar Usman, S.Ag., M.Pd Tahun 2024 s/d sekarang